La colonoscopia es la principal herramienta diagnóstica en la colitis ulcerosa. Aunque existe una alta correlación clínico-endoscópica, por su invasividad, no se utiliza generalmente para la valoración de la actividad inflamatoria de la enfermedad. Incluso hay estudios que indican una mayor tendencia a desarrollar un brote moderado a severo tras su realización en pacientes con escasa o moderada actividad inflamatoria. La colonoscopia suele reservarse para casos de duda con una enfermedad de Crohn (u otras causas), valoración de un aumento en la extensión de la enfermedad, falta de respuesta a una estrategia terapéutica cuando se plantea inicar un tratamiento con fármacos biológicos o previo a un tratamiento quirúrgico. Ultimamente también se está usando para la valoración de la curación mucosa en los tratamientos con anti-TNF. Ante una falta de respuesta a un determinado tratamiento, sobre todo en brotes graves, la rectosigmoidoscopia-colonoscopia además de valorar la actividad inflamatoria se usa para descartar una sobreinfección por bacterias enteroinvasivas y citomegalovirus (análisis de cuerpos de inclusión nuclear en la mucosa). De los índices endoscópicos mas usados, destaca el de Rachmilewitz y el de la cínica Mayo. En realidad son índices mixtos clínico-endoscópicos. Con respecto al primero, endoscópicamente se valora la granularidad, la pérdida del patrón vascular, el grado de friabilidad mucosa y la presencia (y severidad de moco, exudado, fibrina y úlceraciones). Se expone el caso de una CU extensa con un patrón de actividad endoscópica grave.